Tack för att du lanserar en tänkbar förklaring, men så stor skillnad på transkåporna som det är på den synbara cylinderbanken är det väl inte.
Vad jag menar är att det du kallar "den synbara cylinderbanken" inte har något att göra med cylindrarnas faktiska höjd. Nu har jag försökt göra en jättepedagogisk bild för att förklara hur jag menar. Eftersom vi varken har röntgensyn (på en bild...) eller skalenlig/måttsatt ritning att utgå från så har jag använt mig av de två bilderna du lagt upp. Jag har skalat dem så att båda bedömt är lika stora, genom att göra antagandet att avståndet mellan kamaxalarnas centrum är ungefär lika i båda motorerna. Av en händelse hamnar då det som jag antar är vevaxelns centrum på samma ställe.
Det är omöjligt att avgöra var cylinderloppets underkant är utifrån bilderna men vi vet var cylindrarnas ovankant är utifrån skarven mellan block och topplock. Vi har tidigare konstaterat att 650F-motorn har 3,5 mm längre slaglängd än 600RR-motorn (rod ration är okänd för mig i dessa, men bör vara liknande, möjligen att 650F har något större rod ratio då man rimligen inte haft samma fokus på att minimera svängmassan som i 600rr-motorn som har högre varvstopp).
Ta en titt på följande bild. Den gröna linjen är alltså ovankant på 600rr-motorns cylindrar med vi antar att övriga delningar är samma på båda motorerna. Det nedersta röda strecket är för att representera cylinderloppets underkant (eller ja, kolvens läge i BDC kanske) men det är såklart bara ett antagande, linjen i sig kan ligga båda något högre och något lägre. Förstår du då hur jag menar?