Jag har för mig att dessa årsmodeller av Fireblade har ganska stort transmissionsglapp redan original och redan som ny, men att detta bara skulle märkas på extremt låga varv låter osannolikt. Samma sak med slack kedja eller trasig ryckutjämnare för bakdrevet, det brukar leva om även vid växlingar på högre varv och framförallt vid nedväxling och motorbroms. Du kan ju alltid kolla, men det låter osannolikt.
Jag skulle sätta mina pengar på att något med tändning eller bränsle strular.
Tändstiften är ett alternativ. Hur långt har hojen gått och vilket bytesintervall har tändstiften...?
Redan nämnda tjuvluft är ett annat alternativ, men om du inte har varit inne och rotat runt luftburk och spjällhus så låter det lite osannolikt att den - med Hondas kvalitet på alla ingående komponenter - helt plötsligt börjar dra tjuvluft...?
Din PC3:a är ett tredje alternativ. Det finns historier om PC3

r såväl som PC5

r som helt oförklarligt "tappat" den inlagda mappen. Om du då hade en speciell mapp för just ditt avgassystem så kan den mycket väl börja gå som skit. Kolla om rätt mapp ligger inne och passa på att kolla alla kablar, produkter från Dynojet har inte OEM-kvalitet på kablar och kontakter. Om den har gått långt så kan något ha skavts sönder eller vibrerat sönder.
Mitt sista tips skulle vara bränslet, eller rättare sagt hur du förvarar hojen över vintern, för ditt problem låter också som något som kan orsakas av gammal soppa eller av de beläggningar man kan få i hela bränslesystemet om samma soppa ligger kvar i tanken under hela vintern. Kan vara så enkelt att ditt problem fixas med en flaska injection cleaner.
Annars är det Honda-verkstad och seriös felsökning som gäller.